Музей имеет практически вековую историю. Первые сообщения о музеи датированы 1919 годом. В этом же году была образована кафедра анатомии сельскохозяйственных животных при Петроградском зооветеринарном институте.
За время работы кафедры музей постоянно пополнялся экспонатами, касающимися особенностей строения редких и экзотических видов животных. На сегодняшний день экспозиция музея составляет более 2500 уникальных экспонатов. Музей кафедры анатомии животных содержит множество редких нативных экспонатов, отражающих особенности строения сердечно-сосудистой системы животных. Экспонатов такого уровня и в таком количестве нет ни в одном ветеринарном и сельскохозяйственном вузе России, а также в странах ближнего и дальнего зарубежья. В настоящее время на 2-х этажах кафедры (в шести учебных комнатах и специальном музейном помещении) общей площадью более 300 м размещено около 1200 скелетов, 500 влажных, 400 мумифицированных и муляжных препаратов, отражающих все особенности строения тела почти 50 видов животных и птиц (кости, суставы, внутренние органы, сосудистая и нервная системы).
Все препараты Музея анатомии животных созданы исключительно силами сотрудников кафедры и в абсолютном большинстве случаев состоят из натурального трупного материала. Экспонаты музея используются как в учебных целях для студентов при изучении ими особенностей строения тела различных животных, так и в познавательных целях для школьников городских и областных школ, колледжей и лицеев биологического профиля. Кроме того, сотрудники кафедры постоянно используют музейные препараты для оказания консультативной помощи по вопросам сравнительной анатомии домашних животных практикующим ветеринарным врачам и научным сотрудникам ветеринарных и биологических учреждений.
С 1998 года музей кафедры анатомии животных внесен в реестр «Малые музеи Санкт-Петербурга» и получил международную известность. Сотрудники кафедры на благотворительной основе постоянно проводят экскурсии по музею для жителей Санкт-Петербурга и гостей нашего города. Даже в годы Великой Отечественной войны, в условиях блокады Ленинграда и повсеместного голода сотрудники кафедры бережно сохранили и передали потомкам экспозицию музея. При этом часть экспонатов была подарена Пржевальскому сельскохозяйственному техникуму, на базе которого работал институт в военное время.
